زندقه جریانی فکری، فرهنگی، اعتقادی، اجتماعی و سیاسی بود که در سدههای نخستین هجری در سرزمینهای اسلامی گسترش یافت. این پدیده که ریشه در دوران پیش از اسلام داشت از اواخر دوره بنیامیه دوباره ظهور کرد و در عصر اول عباسیان به اوج رسید. کتاب زندقه در سدههای نخستین اسلامی در پی شناخت پدیده فوق، گروههای متهم به آن، علل و عوامل و واکنشهای مختلف در برابر آن است.
این کتاب در چهار فصل ترتیب یافته است و در فصل نخست با عنوان «کلیات»، به معنای لغوی و اصطلاحی زندقه، تاریخچه آن و بررسی زندقه در پیش از اسلام در ایران و عرب عصر جاهلی و زندقه پس از ظهور اسلام در زمان صدر اسلام، امویان و عباسیان پرداخته است.
در بخشی از این فصل آمده است: این کلمه دارای منشأ ایرانی است و از متون تاریخی چنین بر میآید که نخستین بار واژه زندیق بر مانی اطلاق شده که در زمان شاپور پسر اردشیر ساسانی ظهور کرد. اولین متنی که در آن واژه زندیق به کار رفته است کتیبه کرتیر است که در کعبه زردشت قرار دارد و در آن، کرتیر ضمن شمردن اقدامات خود، به نابودی زنادقه اشاره کرده است.
نویسنده در فصل دوم به تقسیمات زنادقه اشاره دارد و آنان را به چهار دسته زنادقه دینی، فرهنگی، اجتماعی و سیاسی تقسیم میکند. زنادقه دینی نیز عبارتند از: مانویان، مزدکیان، خرمدینان، زردشتیان، منکران اصول و ضروریات دین، غالیان، صوفیان و منافقان و فرقههای منحرف. زنادقه فرهنگی نیز عبارتند از: فلاسفه و متکلمان، قائلین به خلق قرآن وروشنفکران¬اند. زنادقه اجتماعی همان اباحیگران و هزگویانند و زنادقه سیاسی همان شعوبیه نام برده شدهاند. فصل سوم به بررسی علل و عوامل ظهور و گسترش زندقه اختصاص دارد که آنها را به سه دلیل فرهنگی، اجتماعی و سیاسی تقسیم میکند.
نویسنده فساد حاکمان را از دلایل سیاسی گسترش زندقه برشمرده و مینویسد: یکی از عوامل مهم و مؤثر در گسترش موج کفر و الحاد و زندقه در میان مردم، فساد حکام و خلفا و انجام امور مخالف شرع به دست آنها بود، زیرا بسیاری از مردم در آداب و رسوم و حتی امور مذهبی خود از رفتار آنها تقلید میکنند.
در فصل چهارم نیز به واکنشهای ائمه(ع)، خلفا و مردم در برابر زنادقه اشاره شده است. نویسنده درباره واکنش مردم در برابر زنادقه مینویسد: برخی از افراد سادهلوح به دلایل مختلف، از جمله ظرافت و آراستگی زنادقه به آنها متمایل شده و خود را زندیق وانمود میکردند. یکی از ویژگیهای زنادقه ظرافت در کارها و امور مختلف بود.
نویسنده درباره واکنش ائمه (ع) در برابر زنادقه مینویسد: نکته مهم در برخوردهای ائمه با فرقههای مختلف این است که ایشان با پیروی از دستور قرآن کریم مبنی بر بکارگیری منطق و خرد در مجادله، در بیشتر اوقات از برخورد تند و خشن با فرقهها و افراد خودداری کرده و با آنها، به ویژه با کسانی که از فرهنگها و ادیان غیر مسلمان بودند، از روش استدلال و منطق بهره برده و آنها را مغلوب و ساکت میکردند که مخالفان آنها نیز به این نکته اعتراف کردهاند.