پژوهشکده تاریخ و سیره اهل بیت:جهت بررسی روشمند حوزه‌های مرتبط با تاریخ و سیره اهل‌بیت: و بسترهای تأثیر‌گذار در آنها، در سال ۱۳۶۴ تأسیس و فعالیت‌های پژوهشی خود را آغاز کرد. پژوهشکده تاریخ و سیره اهل بیت علیهم السلام از نخستین پژوهشکده‌های پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی است که در چهار گروه پژوهشی فعالیت می‌کند. این پژوهشکده به عنوان یکی از مراکز مهم پژوهشی متمرکز بر تاریخ و سیره اهل بیت علیهم السلام در مراکز علمی کشور شناخته شده و آثار آن از جایگاه و اعتبار ویژه‌ای در میان پژوهشگران برخوردار است.
تبیین صحیح، روشمند، علمی و همه جانبه تاریخ، سیره و سبک زندگی معصومان: به منظور ارائه الگوی صحیح به جامعه و نیز شناساندن تشیع و مؤلفه‌های آن در ادوار مختلف با توجه به فرهنگ و تمدن اسلامی از اهداف این پژوهشکده است.
در کنار انجام مطالعات موردی، اجرای کلان پروژه‌هایی مانند «تشیع در عصر حضور»، «فرهنگ‌نامه مؤلفان اسلامی»، «بررسی و نقد منابع زندگانی ائمه» و «سبک زندگانی ائمه» از جمله فعالیت‌های این مجموعه بوده است. تحقیق در زوایای تاریک فرهنگ و تمدن اسلامی و تدوین «دانشنامه اهل‌بیت:» از جمله برنامه‌های ملی مجموعه است که زمینه‌های انجام آن در سال‌های اخیر فراهم آمده است.
اهداف پژوهشکده
۱. تبیین و تنقیح مبانى و چارچوبهاى نظرى دانش تاریخ اسلام و سیره معصومان به منظور توانمندسازى و توسعه آنها جهت پاسخگویى به نیازهاى گوناگون فردى و اجتماعى.
۲. معرفى علمى الگوهاى شخصیتى و رفتارى معصومان در ابعاد گوناگون حیات فردى و اجتماعى و متناسب با سطوح مخاطبان.
۳. هویتشناسى شیعه و تشیع و بررسى سیر تحول و تطور مؤلفههاى آن از آغاز تاکنون.
۴. پاسخگویى روشمند به پرسشها و شبهات انسان و جامعه معاصر در زمینه‌ی تاریخ تشیع، سیره معصومان و فرهنگ و تمدن اسلامى.
مأموریت ها
تبیین علمی و روشمند تاریخ و سیره معصومان و ارائه ساز و کار منطقی دستیابی به حقایق تاریخی، خرافه‌زدایی و شناساندن هویت تاریخی شیع و زوایای مختلف فرهنگ و تمدن اسلامی.
انجام این مأموریت‌ها و تحقق این اهداف نیازمند ساختاری منسجم و علمی است که فعالیت‌های پژوهشی را سامان دهد و این مهم در پژوهشکده تاریخ و سیره اهل بیت: در چهار گروه سیره اهل بیت:، تاریخ تشیع، فرهنگ و تمدن اسلامی و دانشنامه اهل بیت: انجام می‌گیرد.
نظارت عالی بر فعالیت علمی گروه‌های چهارگانه بر عهده شورای پژوهشی است که علاوه بر مدیران گروه‌ها چند نفر از اساتید برجسته تاریخ اسلام و آشنا با مباتی و اصول پؤوهش تاریخی در آن عضویت دارند.
ریاست شورای پژوهشی پژوهشکده بر عهده رئیس پژوهشکده و دبیر شورا، رئیس اداره امور پژوهشی پژوهشکده می‌باشد.
ساختار پژوهشکده
شناخت سیره به معنای تحقیق قاعده‌مند در شیوه‌های زیستی یک فرد با توجه به زمان و مکان و اوضاع جانبی است. این گروه فعالیت خود را در حوزه‌ی تاریخ و جنبههای مختلف سیره به منظور تبیین ابعاد مختلف سبک زندگی معصومان آغاز کرد و اهداف و وظایف خود را چنین می‌بیند:
۱. تهیه مجموعه‌ای تاریخی، علمی و مستند از زندگی ائمه؛
۲. ارائه الگوی مناسب به جامعه؛
۳. خرافه‌زدایی از باورهای مردم درباره معصومان؛
۴. پاسخ به شبهات مطرح شده درباره زندگانی معصومان؛
۵.بررسی جایگاه اصحاب و ارتباط آنان با معصومان.
۱. پژوهش علمی و روشمند در ابعاد مختلف سیره معصومان؛
۲. نقد و بررسی روایات ناهمگون درباره معصومان؛
۳. نقد و بررسی منابع تاریخی درباره زندگانی و سیره معصومان.
این گروه، گذشته فراز و فرود شیعیان را در ابعاد گوناگون سیاسی، فرهنگی، اجتماعی، اقتصادی و دینی، مورد پژوهش روشمند قرار می‌دهد. بنابراین، اهداف و وظایف آن در موارد زیر خلاصه می‌شود:
۱. شناسایی شیعیان در تاریخ و معرفی ابعاد گوناگون و ویژگی‌های فرهنگی، علمی، آموزشی، سیاسی و اجتماعی آنان؛
۲. بازکاوی نقاط قوت و ضعف شیعیان و نمایاندن عوامل پیشرفت و انحطاط پیروان اهل بیت:؛
۳. معرفی زوایای ناشناخته تاریخ تشیع و تطورات فکری و عملی اهل تشیع در طول تاریخ؛
۴. نمایاندن نقاط مشترک بین حوادث گذشته و حال شیعیان و بهره‌گیری از گذشته جهت برنامه‌ریزی برای آینده.
۱. پژوهشی روشمند و علمی درباره تاریخ شیعیان با استفاده از منابع نخستین و معتبر؛
۲. بررسی، ارزیابی و نقد منابع تاریخی مربوط به شیعیان و تاریخ تشیع؛
۳. مطالعه منابع غیر شیعی و غیر تاریخی، چون رجال، تفسیر و ادبیات جهت بازیافت ابعاد جدید و ناشناخته گذشته شیعیان.
مطالعه دقیق تاریخ اسلام در ابعاد گوناگون، به ویژه فرهنگ و تمدن اسلامی، ما را به شناخت بیشتر و معرفی بهتر دین اسلام و پیشوایان آن کمک می‌کند. با توجه به این امر، گروه فرهنگ و تمدن اسلامی اهداف و وظایف زیر را دنبال می‌کند:
۱. شناسایی ابعاد گوناگون فرهنگ و تمدن اسلامی؛
۲. تبیین جایگاه، سهم و نقش فرهنگ و تمدن اسلامی در تمدن جهانی و تولید علم؛
۳. تبیین علل پیشرفت تمدن اسلامی و عوامل انحطاط آن؛
۴. معرفی تحولات سیاسی و اجتماعی جهان اسلامی به منظور بستر سازی برای دیگر مطالعات و پژوهش‌ها.
۱. مطالعه و تحقیق در تاریخ سیاسی، اجتماعی و فرهنگی جهان اسلام در ادوار مختلف؛
۲. بازنگری و اصلاح دیدگاه‌ها و نظرات مطرح شده درباره فرهنگ و تمدن اسلامی، به ویژه آرای مستشرقان؛
۳. تبیین روش‌های علمی مطالعه در تاریخ و تمدن اسلامی با ارائه نشریاتی مبتنی بر آموزه‌های اسلامی و علم تاریخ و فلسفه نظری آن؛
۴. کشف نکات مبهم در تاریخ و تمدن اسلامی؛
۵. پاسخ‌گویی به سؤال‌های مطرح در حوزه‌های مربوطه.
گروه دانشنامه اهل بیت: متکفل تدوین دانشنامه اهل بیت: است. دانشنامه اهل بیت:، مجموع اطلاعات روشمند و علمی با محوریت چهارده معصوم را در برمی‌گیرد، از این رو در قالب ۱۳۳۲ مدخل، شخصیت‌ها، خاندان‌ها، شهرها و مکان‌ها، مفاهیم کلامی، قرآنی، سیاسی، اجتماعی، فقهی، اخلاقی و …. مرتبط با اهل بیت: در این مجموعه مورد توجه قرار خواهد گرفت.
- تبیین مستند و پویا از تعالیم و شخصیت اهل بیت: در راستای دفاع عالمانه از ایشان؛
- بازآرایی تعالیم اهل بیت: با توجه به نیازهای معاصر؛
- توسعه و تحکیم آموزه‌های اهل بیت:؛
- زدودن غبار جهل و خرافات از معارف اهل بیت:؛
- تبیین جایگاه اهل بیت: در علوم؛
- پاسخ گویی روشمند و علمی به سوالات و شبهات مطرح در عرصه ملی و بین المللی در زمینه سیره و آموزه‌های اهل بیت:؛
- بازشناسی ابعاد گوناگون سیره و تاریخ اهل بیت: شناسایی و ارزیابی میراث علمی اهل بیت: و آثار مرتبط با ایشان؛
- شناسائی شخصیت‌ها، خاندان و مناطق طرفدار اهل بیت:؛
- شناسایی و ارزیابی آثار اصحاب و طرفداران اهل بیت:.
تدوین دانشنامه اهل‌بیت: با توجه به محورهای ذیل:
- به کارگیری ادبیات علمی؛
- پایبندی به تقریب وحدت امت اسلامی؛
- توجه به مباحث تطبیقی در موارد نیاز؛
- بهره‌گیری از ظرفیت‌های علمی حوزه و پژوهشگاه؛
- اهتمام به نوآوری در ساختار مباحث، تحلیل‌ها، جمع بندی و نتیجه‌گیری؛
- پرهیز از طرح آراء و دیدگاه‌های موهون و شبهه‌زا مگر در مواردی که طرح و نقد آنها ضروری به نظر رسد؛
- تأکید بر محوریت اهل بیت: در نگارش مقالات.