دانشنامه اهلبیت یکی از کلان‌طرح‌های پژوهشکده تاریخ و سیره است که به صورت گروهی مستقل در حال فعالیت است. موضوع آن دانشنامه‌ای اختصاصی در موضوع اهلبیت است که به صورت الفبایی و در چارچوب قواعد و ضوابط دانشنامه‌ای به معرفی شخصیت اهلبیت و مباحث پیرامونی ایشان مانند خاندان‍ها، شهرها، اماکن مربوط به آنان، اهم معارف اهلبیت در حوزه‌‍‌های قرآنی، کلامی، اخلاقی، فقهی، سیاسی، اجتماعی می‌پردازد. این دانشنامه در غیر چهارده معصوم که در سه جلد نخست ارائه می‌شود، بقیه مداخل به صورت الفبایی، برخوردار از نظام ارجاعات درون‌متنی و برون‌متنی و ایجاد شبکه‌ای از اطلاعات موجود در هر موضوع است و تلاش می‌کند برای حفظ قلمرو موضوعی هر مقاله و پرهیز از خروج موضوعی، امکان تکمیل مطالب هر مقاله در ویراست‍‌های بعدی، استنادسازی همه مطالب ارائه شده و نیز استناد به منابع دست اول، بررسی تطور موضوع و گزارش مستند از دانش انبوه تولیدشده در هر موضوع، دسته بندی اطلاعات موجود در هر موضوع، پرهیز از اطناب ممل و عرضه مقاله در کوتاه‌ترین عبارات، در عین جامعیت و غنای محتوا، امکان نوآوری و تحلیل جدید برای مؤلف، مرجعیت علمی برای اهل دانش، به علت سهولت و سرعت دسترسی به اطلاعات مورد نیاز خود، آگاهی مخاطبان از منابع دست اول و تک نگاشته‌های مهم در هر موضوع را به دست دهد.
هدف این دانشنامه تبیین مستند تعالیم و شخصیت اهل بیت برای دفاع عالمانه از ایشان و زدودن غبار جهل و خرافات از معارف ایشان است.
تعداد مداخل دانشنامه بیش از ۱۵۰۰ مورد است که هر یک به صورت مقاله‌ای کوتاه یا بلند تدوین می‌شود و شبکه ارجاع در آن حفظ خواهد شد. جلد نخست دانشنامه در سال ۱۴۰۳ منتشر شده و امید می‌رود دو جلد دیگر آن در سال ۱۴۰۴ از چاپ خارج شود. جلد چهارم آغاز مداخل حرف الف است.